人工智能成功预测蛋白质相互作用
美国科学家主导的国际科研团队在最新一期《科学》杂志撰文指出，他们利用人工智能和进化分析，绘制出了真核生物的蛋白质之间相互作用的3D模型，首次确定了100多个可能的蛋白质复合物，并为700多个蛋白质复合物提供了结构模型，深入研究蛋白质相互作用有望催生新的药物。
研究负责人之一、美国西南大学人类发育与发展中心助理教授丛前（音译）称，研究结果代表了结构生物学新时代的重大进步。
丛前解释说，蛋白质通常成对或成组工作，形成复合物，以完成生物体存活所需的任务。虽然科学家已经对其中一些相互作用开展了深入研究，但许多仍是未解之谜。了解蛋白质之间所有的相互作用将揭示生物学的许多基本方面，并为新药研发提供参考。
但半个世纪以来，鉴于许多蛋白质结构的不确定性，科学家们很难了解这些相互作用。2020年和2021年，深度思维公司和华盛顿大学戴维·贝克实验室独立发布了两种人工智能技术“阿尔法折叠”和RoseTTAFold，它们使用不同的策略预测蛋白质结构。
在最新研究中，丛前等人通过对许多酵母蛋白复合物建模，扩展了人工智能结构预测工具箱。为了找到可能相互作用的蛋白质，科学家们首先搜索相关真菌的基因组，寻找发生突变的基因，然后使用上述两种人工智能技术来确定这些蛋白质是否可以3D结构结合在一起。
他们确定了1505种可能的蛋白质复合物，其中699个结构已被表征，验证了其方法的实用性；另外700个复合物目前获得的数据有限，剩下106个从未被研究过。为更好地理解这些很少被描述或未知的复合物，团队研究了类似的蛋白质，并根据新发现的蛋白质与此前已知蛋白质的相互作用，确定了新发现蛋白质的作用。
人工智能程序预测出985%的人类蛋白质结构
新华社伦敦7月22日电（记者张家伟）英国“深度思维”公司研究人员领衔的团队22日在英国《自然》杂志发表报告说，该公司的人工智能程序“阿尔法折叠”（AlphaFold）预测出98.5%的人类蛋白质结构，有助于深入理解一些关键生物学信息，从而更好开展药物研发。
人类蛋白质组是指人类基因组编码所有蛋白质的集合，考虑到理解人类蛋白质组对健康和医药的重要性，研究人员一直以来付出大量努力来确定其中的蛋白质结构，但用普通实验方法预测蛋白质结构十分耗时。人类基因组中目前只有三分之一的蛋白质3D结构已通过实验确定。
“阿尔法折叠”是“深度思维”公司开发的一款人工智能程序，可用于预测蛋白质结构。该公司研究人员利用“阿尔法折叠”确定了覆盖几乎整个人类蛋白质组（98.5%的所有人类蛋白质）的蛋白质结构，并将这些结构放入公开的数据库免费供全球科研人员使用。
氨基酸是连接起来形成蛋白质的亚单位。研究人员还让“阿尔法折叠”对人类蛋白质组58%的氨基酸结构位置给出可信预测；其中对35.7%的结构位置预测达到很高可信度。
报告作者之一、“深度思维”公司联合创始人德米斯·哈萨比斯在一篇文章中说，了解一部机器的结构之后才能清楚知道它能做什么，因此深入分析蛋白质结构有助我们理解它的功能。研究人员在寻找疾病治疗方案以及应对包括抗生素耐药性、微塑料污染和气候变化等人类社会面临的重大挑战过程中，也能从中受益。
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