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分子寡聚化是什么意思呀各位大神 人工智能解释蛋白质的概念是指什么意思呀

分子寡聚化是什么意思呀各位大神

是指分子不仅以单体形式存在于细胞膜表面,还可能通过其胞外结构域形成同源二聚化或寡聚化。并且证实,D4分子的这种自身相互作用参与了与MHC-II类分子的稳定结合。

CD4分子是一类单链跨膜糖蛋白,表达于胸腺及成熟的T细胞表面。作为共受体分子D4通过与MHC-I类分子非多态区的结合可增强T细胞与抗原提呈细胞之间的亲和力。这在T细胞激活中非常关键。另外,CD4分子还作为HN的高亲和力受体介导D4+T细胞的HN黏附并侵入。从结构上来看,D4分子主要分为3个部分:即长的胞外区疏水性跨膜区和短的胞质区。CD4分子的胞外区包含有4个样结构域,分别命名为DI、D2D3和D4。研究表明,CD4分子主要是通过其远膜端的D1和D2与MHC-II类分子识别结合以及介导与其它配体分子例如HN等之间的相互作用。其胞质区与酪氨酸激酶p56CK相关,CD4分子除以单体形式表达于细胞膜表面外。还可能以二聚化或寡聚化的形式存在,并且这种D4分子的自相关性(self-assciation)在与MHC-II类分子的稳定结合。以及在T细胞的起始激活中起着非常关键的作用。通过实验发现,很难检测到重组的可溶性CD4蛋白(4)和MHC-I类分子蛋白之间的相互作用。C4蛋白不能阳新野生CD4(WCD4)分子激活的MHC-II类分子特异性的T细胞应答。而nmol/L级的D4就能抑制wD4与HN胞膜蛋白2D120之间的相互作用141。CD4分子与MHC-II类分子之间稳定的结合有可能依赖于前者的寡聚化。

其中将主要参与和MHC-I类分子结合的D1结构域的43位Phe突变为le命名为F43L实验发现,与仅转染wD4基因的OS-7细胞对昭相比较共转染F43I和wD4基因的COS-7细胞与B细胞之间的黏附效应明显受到削弱表现为玫瑰花环形成数减少与F43I基因呈浓度依赖性。当F43I基因的转染量达到3ug时,抑制效应最强。由于F43I自身不能与MHC-II类分子结合,因此,这种现象最有可能的解释是F43I与w1CD4形成寡聚化,从而可干扰后者的自相关效应,即wtD4自身形成寡聚化而只有当wCD4分子以寡聚化的形式存在时,才能产生一个稳定的MHC-I类分子的结合位点。

人表皮细胞(EC)悬液中分离纯化的朗罕氏细胞(LC)表面主要表达二聚化形式的CD4分子。通过实验检测到了CD4分子同源二聚体的存在。

在论文中经常读到的motifs是什么意思

在许多领域的论文,尤其是生物和计算机类的论文中,我们经常会见到motif,那么motif是什么意思?本文将通过最最原始的一篇论文《NetworkMotifs:SimpleBuildingBlocksofComplexNetworks》来介绍一下motif的来龙去脉,包括检测方法,以及其出现在复杂网络中的本质内涵。

论文地址:NetworkMotifs——《Science》

motifs旨在发现诸如“小世界现象”和“scale-free网络”等复杂网络特征的背后的机理。本文提出了一种检测networkmotifs的算法,这种方法可以适用于几乎任何网络。

motifs定义

假设网络是有向的,具有许多潜在的n-nodesubgraphs(n这里取3和4)。我们说motifs就是与随机网络相比出现次数较多的n-nodesubgraph结构。

检测方法

构造一个用于对比的随机网络。注意两点:一,其上的每个结点具有和真实网络一样的特性,即每个结点的入度和出度与真实网络中的对应结点相同;二,生成具有相同(n-1)-node的子图结构,以保证motif不会因为其子模式的重要而重要。(这里比较绕,就是说生成与原始网络数目相同(n-1)-node结构,这样你检测出来的motifs才具有统计意义。)此图红色虚线表示一种feedforwardloopmotif模式在现实网络中出现五次,而在随机图上出现次数很少。

由此,为了方便统计,定义“networkmotifs”为在【随机图中出现的次数大于或等于在真实网络】的概率小于一个截断点(cutoffvalue)P=0.001。(这里就理解为motifs在真实网络中出现的概率较大)

算法在几个网络上的实验结果

下面是算法的应用,最左栏是不同的网络,右侧三栏就是挖掘出来的频繁motifs结构。

转录基因网络食物网神经元网络电路网络万维网

结论

结论不重要,就是说具有相同特征的网络中提取出来的motifs也是相同的,主要看一下提取出来的motifs的结构。

算法优点

对小数据集同样适用、对错误数据不敏感。

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